Przedsiębiorstwo PKS Zakopane powstało w marcu 1945 roku, najpierw jako filia krakowskiego PKS. Oficjalne otwarcie PKS nastąpiło 1 września 1945 roku z Dyrekcją Okręgową w Krakowie. Od 25 lutego 1991 roku jesteśmy samodzielnym Przedsiębiorstwem PKS w Zakopanem. Na początku działalności świadczyliśmy usługi przewozów pasażerskich jak i przewozów towarowych. Obecnie świadczymy tylko usługi pasażerskie.

Od 13 maja 2005 r. PKS przeobraził się w spółkę, i funkcjonuje do dzisiejszego dnia pod nazwą PKS Zakopane Sp. z o.o